歷史地看，中西醫(yī)的產(chǎn)生與發(fā)展過(guò)程有著本質(zhì)的不同，這種差異導(dǎo)致了這兩種醫(yī)學(xué)的認(rèn)識(shí)論與方法論的根本性區(qū)別。
中醫(yī)理論是從人對(duì)自身乃至宇宙萬(wàn)物的生命及其能量流動(dòng)的深刻體驗(yàn)出發(fā)的，中醫(yī)治病的原理就是調(diào)整人身的能量動(dòng)態(tài)使之歸于平衡的常態(tài)，中醫(yī)的一切理論都是
圍繞這種能量狀態(tài)的消長(zhǎng)變化展開的，理法方藥莫不如此。如果偏離了這種觀察思考的角度，處方用藥必將變得毫無(wú)方向。所以中醫(yī)學(xué)是以理論為第一要義的，經(jīng)驗(yàn)
只是在理論指導(dǎo)下的實(shí)踐的積累。離開了中醫(yī)的基本理論，即使用中藥治病，也只能是簡(jiǎn)單的經(jīng)驗(yàn)醫(yī)學(xué)，不能歸入中醫(yī)純粹的辨證施治體系了。
西醫(yī)是隨著解剖學(xué)與化學(xué)的發(fā)展產(chǎn)生并發(fā)展起來(lái)的，由于起點(diǎn)遠(yuǎn)離了直接的生命體驗(yàn)，導(dǎo)致了其認(rèn)識(shí)論與方法論的機(jī)械主義傾向。一般來(lái)說(shuō)，西醫(yī)是把人體當(dāng)作一
部機(jī)器對(duì)待的，西醫(yī)的治療方法除了作用于諸大系統(tǒng)的內(nèi)科化學(xué)療法外，外科的方法更像是木匠或裁縫工作。這樣就忽略了作為一個(gè)生命體的個(gè)人的生命力的能量存
在狀態(tài)，及其作用于人的直接或即發(fā)性病理狀態(tài)。由于其認(rèn)識(shí)論與方法論的局限，導(dǎo)致了西醫(yī)治療學(xué)體系的重大缺陷——無(wú)法正確診斷能量狀態(tài)的非常態(tài)客觀存在。
常見的現(xiàn)實(shí)如：病人能夠很明顯地感覺(jué)得到自身的某種不適癥狀，但經(jīng)過(guò)西醫(yī)病理檢查，卻被告知沒(méi)有病，于是，對(duì)于病人來(lái)說(shuō)很現(xiàn)實(shí)的客觀癥狀就被歪曲成了一種
主觀錯(cuò)覺(jué)。還有諸如手術(shù)后病人已經(jīng)死亡，卻得出了手術(shù)非常成功的荒謬結(jié)論，等等。
這些現(xiàn)象從本質(zhì)上來(lái)說(shuō)都是由于其認(rèn)識(shí)論與方法論的先天缺陷造成的，中醫(yī)的認(rèn)識(shí)論與方法論的客觀實(shí)在性與可驗(yàn)證性，證實(shí)了中醫(yī)理論針對(duì)疾病治療的正確性的
同時(shí)，也從客觀上彌補(bǔ)了西醫(yī)方法論上的這種先天不足。可惜絕大多數(shù)自以為很了解西醫(yī)很相信科學(xué)的明白人并不能清醒地認(rèn)識(shí)到這一點(diǎn)，他們熟視無(wú)睹或有意回避
其局限性，科學(xué)在他們的頭腦中已經(jīng)圖騰為一種拜物教似的迷信。
中醫(yī)治病是以十全（100%)為最終目的的，但由于客觀因素的局限，能夠達(dá)到十全的上工寥寥無(wú)幾。西醫(yī)是以十全六七(60%-70%)為目的的，只要整體上達(dá)到這樣的有效率就算成功。
中醫(yī)自古就是以個(gè)體行醫(yī)的，治療對(duì)象也是個(gè)體，不會(huì)等到湊全人數(shù)才開始治療。西醫(yī)是以群體行醫(yī)，治療是分組進(jìn)行的，實(shí)際上同時(shí)是在拿患者作實(shí)驗(yàn)。中醫(yī)的標(biāo)準(zhǔn)是上工，真正達(dá)標(biāo)的醫(yī)生很少。西醫(yī)是以下工為標(biāo)準(zhǔn)，只要能夠與整體相應(yīng)就算合格。
中醫(yī)是在進(jìn)行治療，西醫(yī)是在進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。因?yàn)榇蠖鄶?shù)中醫(yī)不能真正代表中醫(yī)，所以中西醫(yī)之間其實(shí)一直沒(méi)有機(jī)會(huì)進(jìn)行真正的整體比較。個(gè)案相比，西醫(yī)明顯不敵，治療結(jié)果相差懸殊。整體對(duì)比，中醫(yī)又似乎處于劣勢(shì)，統(tǒng)計(jì)結(jié)果無(wú)法驗(yàn)證。
從經(jīng)營(yíng)上看，中醫(yī)是個(gè)體經(jīng)營(yíng)，西醫(yī)是集體經(jīng)營(yíng)。中醫(yī)是小農(nóng)生產(chǎn)方式，西醫(yī)是工業(yè)生產(chǎn)方式。兩者的結(jié)果表現(xiàn)在規(guī)模與效果上（如所造成的污染）存在差異，
兩種結(jié)果的區(qū)別在于，前種方式更能夠?qū)ψ鳛閭€(gè)體的患者有利，后種方式更能夠?qū)ψ鳛榧w的醫(yī)生有利。所以，從治療的效果看，中醫(yī)是勝利者，而從經(jīng)營(yíng)的結(jié)果上
看，西醫(yī)是勝利者。其區(qū)別的本質(zhì)表現(xiàn)在目的性上是，一個(gè)是以服務(wù)為根本目的，一個(gè)是以盈利為根本目的。一個(gè)是福利性質(zhì)的，一個(gè)是商業(yè)性質(zhì)的（至少目前在國(guó)
內(nèi)是這樣表現(xiàn)的）。
但這些其實(shí)還不是最根本的區(qū)別，二者最根本的區(qū)別在于，真正能代表兩種醫(yī)學(xué)的治療結(jié)果（權(quán)威的水平）的療效的性質(zhì)，即標(biāo)本的差別，也即預(yù)后的情況。是
真正的治愈了，還是只是掩蓋一時(shí)，比如激素的短期效果與后期副作用。這種區(qū)別才是兩種醫(yī)學(xué)理論所指導(dǎo)下的醫(yī)學(xué)實(shí)踐的本質(zhì)區(qū)別，而不是人為造成的錯(cuò)誤之間的
區(qū)別。
注：所謂權(quán)威的水平，指的是醫(yī)術(shù)，而非資格或資歷。當(dāng)然，作為整體運(yùn)作的西醫(yī)之間的個(gè)體差異是不大的，就像機(jī)器的零部件一樣，只存在合格與不合格的差別，是不太分別精品和次品的。