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poj 3691 DNA repair AC自動機(jī) + dp

   題意是給定一系列模式串。然后給出一個文本串,問至少改變文本串里面多少個字符
可以使文本串不包含任何一個模式串。
   還是先建立Trie圖,然后在Trie圖上面進(jìn)行dp。dp的思路也不是很復(fù)雜。dp[i][j]的意思
是長度為i的文本串需要改變dp[i][j]個字符順利到達(dá)狀態(tài)j。需要注意的是長度為i的時候,
對應(yīng)的字符串中的第i-1個字符。剛開始一直沒發(fā)現(xiàn)這個bug。而且注意中途不能轉(zhuǎn)移到
匹配成功的狀態(tài)上去,多加幾個條件控制即可了。。。
   轉(zhuǎn)移方程,dp[i][j] = min(dp[i][j], dp[i-1][nNext] + szText[i-1] != k),其中nNext
是從狀態(tài)j可以轉(zhuǎn)移到的非匹配成功的狀態(tài),k代表的當(dāng)前邊的權(quán)。
   
   代碼如下:
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <queue>
#include <algorithm>
using namespace std;

const int MAX_N = 61;
const int MAX_L = 31;
const int MAX_D = 4;
const int INF = 1110;
char chHash[256];
char szPat[MAX_L];

void InitHash()
{
    chHash['A'] = 0;
    chHash['G'] = 1;
    chHash['C'] = 2;
    chHash['T'] = 3;
}

struct Trie
{
    Trie* fail;
    Trie* next[MAX_D];
    bool flag;
    int no;
};
int nP;
Trie* pRoot;
Trie tries[MAX_N * MAX_L];

Trie* NewNode()
{
    memset(&tries[nP], 0, sizeof(Trie));
    tries[nP].no = nP;
    return &tries[nP++];
}

void InitTrie(Trie*& pRoot)
{
    nP = 0;
    pRoot = NewNode();
}

void Insert(Trie* pRoot, char* pszPat)
{
    Trie* pNode = pRoot;
    while (*pszPat)
    {
        int idx = chHash[*pszPat];
        if (pNode->next[idx] == NULL)
        {
            pNode->next[idx] = NewNode();
        }
        pNode = pNode->next[idx];
        ++pszPat;
    }
    pNode->flag = true;
}

void BuildAC(Trie* pRoot)
{
    pRoot->fail = NULL;
    queue<Trie*> qt;
    qt.push(pRoot);

    while (!qt.empty())
    {
        Trie* front = qt.front();
        qt.pop();

        for (int i = 0; i < MAX_D; ++i)
        {
            if (front->next[i])
            {
                Trie* pNode = front->fail;
                while (pNode && pNode->next[i] == NULL)
                {
                    pNode = pNode->fail;
                }
                front->next[i]->fail = pNode? pNode->next[i] : pRoot;
                front->next[i]->flag |= front->next[i]->fail->flag;
                qt.push(front->next[i]);
            }
            else
            {
                front->next[i] = front == pRoot? pRoot : front->fail->next[i];
            }
        }
    }
}

int nChange[INF][INF];
char szText[INF];

int Solve()
{
    int nLen = strlen(szText);
    for (int i = 0; i <= nLen; ++i)
    {
        for (int j = 0; j < nP; ++j)
        {
            nChange[i][j] = INF;
        }
    }

    int i, j, k;
    nChange[0][0] = 0;
    for (i = 1; i <= nLen; ++i)
    {
        for (j = 0; j < nP; ++j)
        {
            if (tries[j].flag) continue;
            if (nChange[i - 1][j] == INF) continue;
            for (k = 0; k < MAX_D; ++k)
            {
                int nNext = tries[j].next[k] - tries;
                if (tries[nNext].flag) continue;
                //trie是邊權(quán)樹,所以i是從1到len,而且當(dāng)前字符是szText[i-1]
                int nTemp = nChange[i - 1][j] + (k != chHash[szText[i - 1]]);
                nChange[i][nNext] = min(nChange[i][nNext], nTemp);
            }
        }
    }

    int nAns = INF;
    for (i = 0; i < nP; ++i)
    {
        if (!tries[i].flag)
        nAns = min(nAns, nChange[nLen][i]);
    }
    return nAns == INF? -1 : nAns;
}

int main()
{
    int nN;
    int nCase = 1;

    InitHash();
    while (scanf("%d", &nN), nN)
    {
        InitTrie(pRoot);
        while (nN--)
        {
            scanf("%s", szPat);
            Insert(pRoot, szPat);
        }
        BuildAC(pRoot);
        scanf("%s", szText);
        printf("Case %d: %d\n", nCase++, Solve());
    }

    return 0;
}

posted on 2012-10-21 16:53 yx 閱讀(576) 評論(0)  編輯 收藏 引用 所屬分類: 字符串

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