Makefile.am是一種比Makefile更高層次的規則。只需指定要生成什么目標，它由什么源文件生成，要安裝到什么目錄等構成。
表一列出了可執行文件、靜態庫、頭文件和數據文件，四種書寫Makefile.am文件個一般格式。
表 1Makefile.am一般格式
對于可執行文件和靜態庫類型，如果只想編譯，不想安裝到系統中，可以用noinst_PROGRAMS代替bin_PROGRAMS，noinst_LIBRARIES代替lib_LIBRARIES。
Makefile.am還提供了一些全局變量供所有的目標體使用：
表 2 Makefile.am中可用的全局變量
在Makefile.am中盡量使用相對路徑，系統預定義了兩個基本路徑：
表 3Makefile.am中可用的路徑變量
在上文中我們提到過安裝路徑，automake設置了默認的安裝路徑：
1)標準安裝路徑
默認安裝路徑為：$(prefix) = /usr/local，可以通過./configure --prefix=<new_path>的方法來覆蓋。
其它的預定義目錄還包括：bindir = $(prefix)/bin, libdir = $(prefix)/lib, datadir = $(prefix)/share, sysconfdir = $(prefix)/etc等等。
2) 定義一個新的安裝路徑
比如test, 可定義testdir = $(prefix)/test, 然后test_DATA =test1 test2，則test1，test2會作為數據文件安裝到$(prefix)/ /test目錄下。
我們首先需要在工程頂層目錄下（即project/）創建一個Makefile.am來指明包含的子目錄：
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SUBDIRS=src/lib src/ModuleA/apple/shell src/ModuleA/apple/core
CURRENTPATH=$(shell /bin/pwd)
INCLUDES=-I$(CURRENTPATH)/src/include -I$(CURRENTPATH)/src/ModuleA/apple/include
export INCLUDES
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由于每個源文件都會用到相同的頭文件，所以我們在最頂層的Makefile.am中包含了編譯源文件時所用到的頭文件，并導出，見藍色部分代碼。
我們將lib目錄下的swap.c文件編譯成libswap.a文件，被apple/shell/apple.c文件調用，那么lib目錄下的Makefile.am如下所示：
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noinst_LIBRARIES=libswap.a
libswap_a_SOURCES=swap.c
INCLUDES=-I$(top_srcdir)/src/includ
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細心的讀者可能就會問：怎么表1中給出的是bin_LIBRARIES，而這里是noinst_LIBRARIES？這是因為如果只想編譯，而不想安裝到系統中，就用noinst_LIBRARIES代替bin_LIBRARIES，對于可執行文件就用noinst_PROGRAMS代替bin_PROGRAMS。對于安裝的情況，庫將會安裝到$(prefix)/lib目錄下，可執行文件將會安裝到${prefix}/bin。如果想安裝該庫，則Makefile.am示例如下：
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bin_LIBRARIES=libswap.a
libswap_a_SOURCES=swap.c
INCLUDES=-I$(top_srcdir)/src/include
swapincludedir=$(includedir)/swap
swapinclude_HEADERS=$(top_srcdir)/src/include/swap.h
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最后兩行的意思是將swap.h安裝到${prefix}/include /swap目錄下。
接下來，對于可執行文件類型的情況，我們將討論如何寫Makefile.am？對于編譯apple/core目錄下的文件，我們寫成的Makefile.am如下所示：
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noinst_PROGRAMS=test
test_SOURCES=test.c
test_LDADD=$(top_srcdir)/src/ModuleA/apple/shell/apple.o $(top_srcdir)/src/lib/libswap.a
test_LDFLAGS=-D_GNU_SOURCE
DEFS+=-D_GNU_SOURCE
#LIBS=-lpthread
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由于我們的test.c文件在鏈接時，需要apple.o和libswap.a文件，所以我們需要在test_LDADD中包含這兩個文件。對于Linux下的信號量/讀寫鎖文件進行編譯，需要在編譯選項中指明-D_GNU_SOURCE。所以在test_LDFLAGS中指明。而test_LDFLAGS只是鏈接時的選項，編譯時同樣需要指明該選項，所以需要DEFS來指明編譯選項，由于DEFS已經有初始值，所以這里用+=的形式指明。從這里可以看出，Makefile.am中的語法與Makefile的語法一致，也可以采用條件表達式。如果你的程序還包含其他的庫，除了用AC_CHECK_LIB宏來指明外，還可以用LIBS來指明。
如果你只想編譯某一個文件，那么Makefile.am如何寫呢？這個文件也很簡單，寫法跟可執行文件的差不多，如下例所示：
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noinst_PROGRAMS=apple
apple_SOURCES=apple.c
DEFS+=-D_GNU_SOURCE
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我們這里只是欺騙automake，假裝要生成apple文件，讓它為我們生成依賴關系和執行命令。所以當你運行完automake命令后，然后修改apple/shell/下的Makefile.in文件，直接將LINK語句刪除，即：
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…….
clean-noinstPROGRAMS:
-test -z "$(noinst_PROGRAMS)" || rm -f $(noinst_PROGRAMS)
apple$(EXEEXT): $(apple_OBJECTS) $(apple_DEPENDENCIES)
@rm -f apple$(EXEEXT)
#$(LINK) $(apple_LDFLAGS) $(apple_OBJECTS) $(apple_LDADD) $(LIBS)
…….
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