嵌入式系統的設計是使用一組物理硬件和軟件來完成所需功能的過程，所以在一個嵌入式系統的設計過程中，軟件設計和硬件設計是緊密結合、相互協調的。在設計時，從系統功能的實現出發，要把軟硬件同時考慮進去。一個基于Windows CE的嵌入式系統開發的主要內容有：
（1）設計系統硬件。
（2）將Windows CE操作系統移植到目標硬件平臺上。
（3）建立交叉調試通道，編寫和調試應用程序代碼。
我們可以用下圖來描述具體的開發流程：
圖 基于Windows CE的嵌入式系統開發流程
基于Windows CE的軟件開發模式比較統一，通常使用Platform Builder定制出針對特定硬件平臺的操作系統映像文件NK.bin，使用Embedded VC++或Visual Stidio.net開發上層的應用軟件。嵌入式系統層軟件開發過程對應于Windows CE操作系統在目標硬件平臺上的移植和定制過程，嵌入式應用層軟件的實現即Windows CE應用程序的開發過程。