這里我只是以兩臺(tái)機(jī)子作為參考例子，一臺(tái)裝有UBUNTU11.10，另外一臺(tái)是在虛擬機(jī)中安裝同樣版本的UBUNTU11.10，這里我也只是做一個(gè)測(cè)試，后面可能會(huì)遷移到集群中。用到的MPICH版本是mpich2-1.4.1p1。廢話不多說(shuō)，現(xiàn)在開(kāi)始！
首先MPI的配置分為幾個(gè)步驟，具體請(qǐng)參考：點(diǎn)擊打開(kāi)鏈接，這里我簡(jiǎn)要說(shuō)明一下：
安裝前的準(zhǔn)備
安裝MPICH步驟
設(shè)置環(huán)境變量
添加配置文件
配置SSH
測(cè)試
1.安裝前的準(zhǔn)備
首先肯定是需要安裝GCC和G++編譯器，這個(gè)直接apt-get就OK了，網(wǎng)上也有好多教程。
2.安裝MPICH步驟
2.1 首先將下載的文件解壓，下載的文件在當(dāng)前用戶目錄里面的“下載”目錄里面，我直接解壓到當(dāng)前目錄：
[plain] view plaincopy
tar xvfz mpich2-1.4.1p1.tar.gz
或者直接到文件所在目錄，直接右鍵單擊，選擇“解壓縮到此處”也可以。
2.2 標(biāo)準(zhǔn)的 configure, make, make install 步驟，這里我是安裝官方文檔配置的，可以查看解壓后的README文檔參考：
由于是bash，因此選擇以下命令，prefix指示安裝路徑，USERNAME就是當(dāng)前用戶的用戶名,由于這里我不用fortran，因此加上參數(shù)（--disable-f77 and --disable-fc），在此之前當(dāng)然要建立安裝MPICH的路徑，也就是：
[plain] view plaincopy
mkdir mpich2-install
接下來(lái)就是configure了：
[plain] view plaincopy
./configure --prefix=/home/<USERNAME>/mpich2-install --disable-f77 --disable-fc 2>&1 | tee c.txt
而且在之前的安裝過(guò)程中，我發(fā)現(xiàn)如果不禁止fortran，安裝會(huì)出問(wèn)題，會(huì)導(dǎo)致MPICH2安裝不完全而出錯(cuò)，所以這里建議不用的選上。
接下來(lái)就是make了：
[plain] view plaincopy
make 2>&1 | tee m.txt
下面就是make install了：
[plain] view plaincopy
make install 2>&1 | tee mi.txt
這樣經(jīng)過(guò)漫長(zhǎng)的等待，最后在mpich2-install中會(huì)生成以下文件：
至此，MPICH2安裝完成。
3.設(shè)置環(huán)境變量
這里設(shè)置環(huán)境變量主要是將MPICH的安裝目錄加到系統(tǒng)環(huán)境變量中，這里我在/etc/profile中加入對(duì)應(yīng)的路徑：
用vim編輯器打開(kāi)/etc/profile：
[plain] view plaincopy
sudo vim /etc/profile
輸入密碼之后，將下面語(yǔ)句添加到最后一行：
[plain] view plaincopy
export PATH=/home/luo/mpich2-install/bin:$PATH
保存強(qiáng)制退出。
最后可以用一下命令看看mpicc和mpiexec位置：
[plain] view plaincopy
which mpicc
which mpiexec
這里會(huì)顯示mpicc和mpiexec的位置，也就是在MPICH的安裝牡蠣中的bin文件夾中。
至此，環(huán)境變量設(shè)置完成。
4.添加配置文件
這里所說(shuō)的配置文件主要是進(jìn)程管理的配置文件，由于UBUNTU11.10的進(jìn)程管理從mpd改為了hydra,因此導(dǎo)致我之前一直是無(wú)法配置成功，還在苦苦尋找mpd為何沒(méi)有安裝，這一點(diǎn)其實(shí)在官方給的文檔中有說(shuō)明，不過(guò)自己當(dāng)時(shí)因?yàn)榭吹酱笃⑽木皖^疼，所以并沒(méi)有仔細(xì)看，導(dǎo)致浪費(fèi)了好長(zhǎng)時(shí)間，這個(gè)教訓(xùn)要吸取。
首先在/etc下面建立目錄：
[plain] view plaincopy
sudo mkdir /etc/hydra
用vim編輯器建立hosts文件：
[plain] view plaincopy
sudo vim /etc/hydra/hosts
文件的結(jié)構(gòu)如下：
# Some Comments
MainNode:8 # other comments
Node1:2
Node2:2
每行中由冒號(hào)（:）分隔的前半部分表示節(jié)點(diǎn)，可以使用節(jié)點(diǎn)名也可以使用IP地址，貌似不區(qū)分大小寫(xiě)；后半部分表示可用的CPU數(shù)量。注釋用“#”前導(dǎo)。根據(jù)你的實(shí)際情況撰寫(xiě)hosts文件。這里我是將我自己的兩臺(tái)計(jì)算機(jī)名加入其中，可能在此之前需要設(shè)置/etc/hosts中IP與機(jī)器名的對(duì)應(yīng)關(guān)系：
[plain] view plaincopy
192.168.1.105 luo-UBUNTU
192.168.1.106 luo-VirtualBox
上面就是我自己的/etc/hosts文件中加入的信息。
在/etc/hydra/hosts中加入：
[plain] view plaincopy
luo-UBUNTU:1 # 192.168.1.105
luo-VirtualBox:1 #192.168.1.106
然后我們需要告訴hydra hosts文件的位置，hydra通過(guò)環(huán)境變量進(jìn)行配置，因此我們需要修改.bashrc文件：
[plain] view plaincopy
$ vim ~/.bashrc
在其中加入如下行：
[plain] view plaincopy
export HYDRA_HOST_FILE=/etc/hydra/hosts
至此設(shè)置完畢，這里參考了其他文章（點(diǎn)擊打開(kāi)鏈接）。
5.配置SSH
這里主要是要各個(gè)機(jī)器之間能無(wú)密碼訪問(wèn)，主要用到的就是SSH，因此需要一些設(shè)置。
首先，我們需要導(dǎo)出各個(gè)節(jié)點(diǎn)的公鑰和私鑰：
[plain] view plaincopy
$ ssh-keygen -t rsa
在運(yùn)行過(guò)程中，會(huì)提示你輸入這個(gè)輸入那個(gè)，不用管那么多，直接回車(chē)就完了。等運(yùn)行結(jié)束后，進(jìn)入.ssh目錄，你會(huì)看到公鑰和私鑰文件：
[plain] view plaincopy
$ cd ~/.ssh
$ ls
id_rsa id_rsa.pub
(可能還有其他亂七八糟的東西)
其中id_rsa就是私鑰，id_rsa.pub就是公鑰，現(xiàn)在我們需要把各個(gè)節(jié)點(diǎn)上的公鑰都集中發(fā)送到一個(gè)節(jié)點(diǎn)上，來(lái)制作授權(quán)文件（authorized_keys）：
$ scp id_rsa.pub User@MainNode:/path/to/yours/id_rsa.pub-X
其中有色字體需要你根據(jù)實(shí)際情況進(jìn)行調(diào)整，這里我們講所有的公鑰發(fā)送到了MainNode，然后我們?cè)贛ainNode上用這些公鑰合成一個(gè)authorized_keys：
[plain] view plaincopy
$ cp ~/.ssh/id_rsa.pub authorized_keys
$ cat /path/to/yours/id_rsa.pub-X >> authorized_keys
其中第2條語(yǔ)句需要反復(fù)多次，講所有的公鑰都放入authorized_keys中，這樣就做好了authorized_keys文件。然后我們分別把他拷到各個(gè)機(jī)器的.ssh目錄中：
[plain] view plaincopy
$ cp authorized_keys ~/.ssh/
$ scp authorized_keys User@SomeNode:/home/User/.ssh/
如果你現(xiàn)在試一下ssh很可能發(fā)現(xiàn)他們?nèi)耘f不好用，別急，我的話還沒(méi)有說(shuō)完呢。這個(gè)東西對(duì)權(quán)限的要求很?chē)?yán)格，所以我們需要更改一下必要的文件的權(quán)限（所有節(jié)點(diǎn)都要更改）：
[plain] view plaincopy
$ chmod 755 ~
$ chmod 755 ~/.ssh
$ chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys
$ chmod 600 ~/.ssh/id_rsa
$ chmod 644 ~/.ssh/id_rsa.pub
至此，SSH配置就完成了。下面檢驗(yàn)一下：
在一個(gè)主機(jī)上面SSH另一個(gè)主機(jī)：
[plain] view plaincopy
ssh luo-VirtualBox
顯示下面截圖：
可以看到是無(wú)密碼登錄，首次登錄的時(shí)候可能會(huì)需要密碼，后面就不需要了。在另一個(gè)主機(jī)上面也是可以SSH連接成功的。
5.測(cè)試
將MPICH源代碼中example目錄下面的cpi拷貝至各個(gè)節(jié)點(diǎn)的相同目錄，這里我放在當(dāng)前目錄下面的MpiWork目錄下面，然后在主節(jié)點(diǎn)上面啟動(dòng)程序：
[plain] view plaincopy
mpiexec -np 2 ./MpiWork/cpi
顯示如下圖：
可以看到不同的進(jìn)程分別運(yùn)行在不同的機(jī)器上。
至此MPICH2配置完成。
其中在SSH中參考了其他的文章（點(diǎn)擊打開(kāi)鏈接），而且我也沒(méi)有這樣配置，因?yàn)樽约菏莾膳_(tái)，網(wǎng)上這個(gè)配置有好多文章。還有一點(diǎn)是，不知到其他機(jī)器上面是不是需要配置MPICH2，因?yàn)槲以O(shè)置hydra的時(shí)候，并沒(méi)有在其他機(jī)器上面設(shè)置，只在主節(jié)點(diǎn)上面設(shè)置了，這個(gè)后面再研究。
posted on 2012-02-17 15:41
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