多級目錄結構的軟件，一般是單個程序、庫文件或模塊放在各自的目錄中。automake要求每個目錄都有自己的Makefile.am文件來編譯各自目錄 下的代碼。在頂級的目錄中，有一個Makefile.am文件，該文件通過SUBDIRS指明了這個目錄下有多少個直接下級目錄的代碼需要編譯。下級目錄 的Makefile.am也指明自己需要編譯的下級目錄。通過這樣的層層遞歸i，從而完成多級目錄結構的編譯。
下面看一個具體的示例：
本例假設目錄結構如下：
helloworld
|src
||--test.cpp
||dohello
|||--dohello.h
|||--dohello.cpp
|doc
||--userguide
頂級目錄helloworld，該目錄下有src和doc兩個目錄。src目錄下有一個test.cpp文件，一個dohello目錄，dohello目錄下又有dohello.h和dohello.cpp兩個文件。doc下有一個readme文件。
整個程序中test.cpp是主文件，里面有main函數。test.cpp調用了dohello.h和dohello.cpp中的類。
下面是編譯步驟：
1.運行autoscan產生configure.scan 在頂級目錄helloworld下運行autoscan命令。產生configure.scan文件內容如下：
# -*- Autoconf -*-
# Process this file with autoconf to produce a configure script.
AC_PREREQ(2.61)
AC_INIT(FULL-PACKAGE-NAME, VERSION, BUG-REPORT-ADDRESS)
AC_CONFIG_SRCDIR([src/test.cpp])
AC_CONFIG_HEADER([config.h])
# Checks for programs.
AC_PROG_CXX
AC_PROG_CC
# Checks for libraries.
# Checks for header files.
# Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
# Checks for library functions.
AC_CONFIG_FILES([Makefile
src/Makefile
src/dohello/Makefile])
AC_OUTPUT
2.編輯configure.in
將configure.scan改名成configure.in，然后修改如下：
# Process this file with autoconf to produce a configure script.
AC_PREREQ(2.61)
AC_INIT(hello,1.0) #軟件包名稱和版本號,另一種寫法是寫在AM_INIT_AUTOMAKE中.
AC_CONFIG_SRCDIR([src/test.cpp])
#AC_CONFIG_HEADER([config.h])
AM_INIT_AUTOMAKE
# Checks for programs.
AC_PROG_CXX
AC_PROG_CC
AC_PROG_RANLIB #使用了靜態庫編譯,需要此宏定義
# Checks for libraries.
# Checks for header files.
# Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
# Checks for library functions.
#AC_CONFIG_FILES([src/Makefile src/dohello/Makefile])
AC_OUTPUT(Makefile src/Makefile src/dohello/Makefile) #需要生成的Makefile，本例需要生成三個。
3.運行aclocal和autoconf
configure.in修改完后則先后執行aclocal和autoconf命令。
4.建立各個目錄的Makefile.am文件
在頂級目錄、src目錄和dohello目錄下分別建立三個Makefile.am文件。內容分別如下：
頂級目錄Makefile.am：
#----------------開始------------------------------------------
AUTOMAKE_OPTIONS=foreign
SUBDIRS=src #本目錄的直接下級目錄src需要編譯
EXTRA_DIST=doc/userguide #doc/userguide不需要編譯，但要發布該文件。如果有多個文件，則用空格分開。
#----------------結束------------------------------------------
src目錄下的Makefile.am：
#----------------開始------------------------------------------
AUTOMAKE_OPTIONS=foreign
SUBDIRS=dohello #本目錄的直接下級目錄dohello需要編譯
bin_PROGRAMS=hello #本目錄的文件編譯成可執行文件hello。如有多個，用空格分開。然后在下面分別寫它們的SOURCE和LDADD。
hello_SOURCES=test.cpp #編譯hello需要的源文件列表，如有多個，用空格分開。
hello_LDADD=dohello/libhello.a #編譯hello需要的庫文件列表。如有多個，用空格分開。
#----------------結束------------------------------------------
dohello目錄下的Makefile.am
#----------------開始------------------------------------------
AUTOMAKE_OPTIONS=foreign
noinst_LIBRARIES=libhello.a #本目錄下的代碼編譯成libhello.a庫。不需要發布。如果需要發布，則寫成bin_LIBRARIES。注意，庫的名稱格式必需為 libxxx.a。因為編譯靜態庫，configure.in需要定義AC_PROG_RANLIB宏。
libhello_a_SOURCES=dohello.h dohello.cpp #編譯libhello.a需要的源文件。注意將庫名稱中的'.'號改成'_'號。
#----------------結束------------------------------------------
5.運行automake
以上幾個Makefile.am都書寫完畢后，運行automake --add-missing。
6.運行./configure和make
上面步驟完成后，先后運行./configure和make完成編譯。如果編譯成功，運行make dist可以將所有文件打包成hello-1.0.tar.gz。